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* 通讯作者:Jinbo Xu, jinboxu@moleculemind.com 参考文献 [1] Joseph L Watson, David Juergens, Nathaniel R Bennett, Brian L Trippe, Jason Yim, Helen E Eisenach, Woody Ahern, Andrew J Borst, Robert J Ragotte, Lukas F Milles, et al. De novo design of protein structure and function with rfdiffusion. Nature, 620 (7976):1089–1100, 2023. [2] Martin Pacesa, Lennart Nickel, Christian Schellhaas, Joseph Schmidt, Ekaterina Pyatova, Lucas Kissling, Patrick Barendse, Jagrity Choudhury, Srajan Kapoor, Ana Alcaraz-Serna, et al. One-shot design of functional protein binders with bindcraft. Nature, 646 (8084):483–492, 2025. [3] Vinicius Zambaldi, David La, Alexander E Chu, Harshnira Patani, Amy E Danson, Tristan OC Kwan, Thomas Frerix, Rosalia G Schneider, David Saxton, Ashok Thillaisundaram, et al. De novo design of high-affinity protein binders with alphaproteo. arXiv preprint arXiv:2409.08022, 2024. [4] Chai Discovery Team, Jacques Boitreaud, Jack Dent, Danny Geisz, Matthew McPartlon, Joshua Meier, Zhuoran Qiao, Alex Rogozhnikov, Nathan Rollins, Paul Wollenhaupt, et al. Zero-shot antibody design in a 24-well plate. bioRxiv, pages 2025–07, 2025. [5] Luis S Mille-Fragoso, John N Wang, Claudia L Driscoll, Haoyu Dai, Talal Widatalla, Xiaowei Zhang, Brian L Hie, and Xiaojing J Gao. Efficient generation of epitope-targeted de novo antibodies with germinal. bioRxiv, 2025. [6] Hannes Stark, Felix Faltings, Min Gyu Choi, Yuxin Xie, Eunsu Hur, Timothy O’Donnell, Anton Bushuiev, Talip Uçar, Saro Passaro, Weian Mao, et al. Boltzgen: Toward universal binder design. bioRxiv, pages 2025–11, 2025. [7] BioGeometry Team and Jian Tang. Rapid de novo antibody design with geoflow-v3. bioRxiv, pages 2025–10, 2025. [8] Sheng Xu, Qiantai Feng, Lifeng Qiao, Hao Wu, Tao Shen, Yu Cheng, Shuangjia Zheng, and Siqi Sun. Foldbench: An all-atom benchmark for biomolecular structure prediction. bioRxiv, pages 2025–05, 2025. [9] Josh Abramson, Jonas Adler, Jack Dunger, Richard Evans, Tim Green, Alexander Pritzel, Olaf Ronneberger, Lindsay Willmore, Andrew J Ballard, Joshua Bambrick, et al. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with alphafold 3. Nature, 630 (8016):493–500, 2024. [10] Helen M Berman, John Westbrook, Zukang Feng, Gary Gilliland, Talapady N Bhat, Helge Weissig, Ilya N Shindyalov, and Philip E Bourne. The protein data bank. Nucleic Acids Research, 28 (1):235–242, 2000. [11] Claudio Mirabello and Björn Wallner. Dockq v2: improved automatic quality measure for protein multimers, nucleic acids, and small molecules. Bioinformatics, 40 (10):btae586, 2024. [12] Saro Passaro, Gabriele Corso, Jeremy Wohlwend, Mateo Reveiz, S. Thaler, Vignesh Ram Somnath, Noah Getz, Tally Portnoi, J. Roy, Hannes Stark, D. Kwabi-Addo, Dominique Beaini, Tommi Jaakkola, and Regina Barzilay. Boltz-2: Towards accurate and efficient binding affinity prediction. bioRxiv, pages 2025–06, 2025. [13] ByteDance Seed. Protenix-v2: Broadening the reach of structure prediction and biomolecular design. 2025. [14] ByteDance AML AI4Science Team, Xinshi Chen, Yuxuan Zhang, Chan Lu, Wenzhi Ma, Jiaqi Guan, Chengyue Gong, et al. Protenix—advancing structure prediction through a comprehensive alphafold 3 reproduction. bioRxiv, pages 2025–01, 2025. [15] Salvatore Candido et al. Language modeling materializes a world model of protein biology, 2026. URL https://github.com/biohub/esm. Biohub preprint. [16] Ivan Anishchenko, Samuel J Pellock, Tamuka M Chidyausiku, Theresa A Ramelot, Sergey Ovchinnikov, Jingzhou Hao, Khushboo Bafna, Christoffer Norn, Alex Kang, Asim K Bera, et al. De novo protein design by deep network hallucination. Nature, 600 (7889):547–552, 2021. 附录 A 设计 VHH 序列针对已知抗体数据库的 CDR 相似性分析 为评估设计序列相对于已知抗体序列的新颖性,我们对 338 个 VHH 序列进行了 CDR 相似性分析,涵盖 11 个靶标系统,并额外检查了每个系统中亲和力最高的 VHH 候选物。
4、暴力冲突后续:NBA官方不会处罚阿德巴约与希罗 各方都希望息事宁人
人工判断依然至关重要。
5、14岁首秀25分钟双响,曼联15岁天才32场29球后要踢一线队了
每个模型都有其独特的「知识偏好」和局限性。
而在密度足够高的情况下,原本无论如何都不可见的轻标量暗物质,会在黑洞碰撞发出的引力波上留下印记。
这道菜只需准备新鲜嫩茴香与甜杏仁两类主料,将甜杏仁煮软沥干,茴香洗净切段,可快速焯水保留脆感,也可生拌保留辛香,二者混合后加生抽、陈醋调味拌匀即可食用。
6、外媒:布拉格斯巴达将签哈兰德表弟,创队史转会纪录
近日,杭州市滨江区人民法院新增一条开庭公告。
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7、主打一个实用,没有花里胡哨的10个家居好物~
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我们一起就能挖通隧道,很多尝试就像『往墙上扔东西,看哪个能粘住』」,陶哲轩这样比喻。
8、不满澳工党邀请台代表,中方官员抗议后离场
可在这项颠覆性技术的背后,却仍有一个问题需要所有人去头疼——视场角(FOV)应选在哪。
在广东省广州市龙归街南岭村,如果初婚夫妻双方均为南岭联社户籍股东成员,可以同时享受村社两级奖补,婚育补贴金额为初婚最高8万元、生育最高12万元,合计20万元。
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9、NBA球员集体长高!!咋回事!!
其中最具象征意义的一项,是限制总理任期,并写进宪法修正案。
按模板和细菌菌株进行分析,ApexGo 在优化革兰氏阴性病原体的肽方面尤为有效(命中率 85%)。
10、牛虎相争,必有一伤!于根伟带上了大腰子!米兰最怕进入消耗战
论文中提到,如今 pLM 已经在药物-靶点相互作用预测、结构预测与蛋白设计等任务中达到 SOTA 水平。
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1、消息称Stripe计划收购大模型中转站OpenRouter,估值或达100亿美元
【李春良,无期】受贿数额特别巨大,国家林业和草原局原副局长李春良一审被判无期。
2、湖人或已错过库明加:两周前曾有机会先签后换,内部人士承认运作窗口已关闭
当“少数派”不必为“帽子”焦虑、不必为论文数量分心,当“非共识”的研究也能获得长周期支持,那些真正改变世界的突破,于是有了生根发芽的土壤。
3、CPB夏至联赛8月上海挥棒,上海虎鲸携西岸棒球场重磅亮相
网友评论 人民日报曾发表评论提醒,AI脸受到厌恶,既应引发反思,也应成为信号:可以利用技术压缩经费与制作周期,但不能用流水线产能替代艺术性和人文性;AI归根结底只是辅助性工具,专业的事还是要多交给专业的“人”;生产一百个“差不多”的产品只能争抢存量,创作一件“被记住”的作品才能创造增量。斯蒂芬·库里将在篮球名人堂拥有专属展览,以此获得特别荣誉据警方调查,嫌疑人会刻意避开屋外监控,不在院坝停留,等进入无监控的室内才摘下头盔与人交谈。
4、文昌·临江阅
中国政府援建了很多重大项目,当地人都知道,所以政府和民间的共同努力,大大增进了两国人民的友谊。
5、山东男篮后场迎来大洗牌,刘毅离开,谢智杰待定,高诗岩续约年限上演拉锯战,王岚嵚引进卡壳,小外没有头绪,一切都是未知数!
从区域标杆迈向全国示范 截至目前,全区累计获评科技教育类国家级荣誉12项、省级荣誉36项;2025年至今,教师获国家级奖项13项、省级22项,学生在全国性白名单赛事中获国家级22项、省级63项;完成省级课题8项、省级成果5项。
6、连续爆冷!女排25-21,25-22世界No.1 李晨瑄的表现太棒了
来自五大洲17个国家的108名中学生和带队老师,用一场Citywalk把上海印在心里。
记者7月24日获悉,盒马旗下平价社区超市超盒算NB正式进入西南市场,首批6家门店在成都落地。
专案组依托大数据警务实战平台,对涉案账号、作案设备、资金流水、人员活动轨迹开展综合研判,锁定团伙核心成员、层级架构、窝点及活动规律。
7、莫雷托丨阿莫林推迟批准埃斯图皮尼安转会维拉
业主按时足额缴纳物业费,不是单纯的“养活”物业企业,而是为自身居住环境、房产保值、社区安全付费,最终受益的是全体履约业主。
居民们告诉帮忙君,每天出入都要从这里经过,总是提心吊胆的。
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01 越来越多的物业“开除”业主 据媒体报道,近两年,在全国多地,均有小区出现物业撤场或难续聘的情况。
一种广泛使用的技术叫做梯度下降法,假设你从地图上的某一点开始,它使用微积分的基本工具来判断哪个方向是下坡,以及你所站位置的山坡有多陡。
于是,一通打给正沉迷网球的老友的电话,一段略显仓促的对话出现了——“最近练球了吗?”“每周都练。
近年来,小象超市持续加快扩张。
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与传统方法不同,它并不是简单地做全局聚类,而是通过一个明确的计算流程来压缩蛋白空间。我要发布>>
对于现场出现排污管反复断裂并持续排污的情况,对方表示“也感到意外”。我要发布>>
【天津今仍有大到暴雨+强对流】中央气象台7月23日06时继续发布暴雨黄色预警+强对流天气黄色预警,均涉及天津。我要发布>>
开幕式上,中国籍数学家王虹因在调和分析和几何测度论方面取得的重要成果,获得菲尔兹奖这一国际数学界最高荣誉之一。我要发布>>
在研究中,团队发现了一个有趣的现象:contextualized gene embeddings 会按细胞种类聚类,而且这种结构在不同组织里都能看到。我要发布>>
我一进人群就累,甚至一对一,比如动真格教育一次孩子,我都要九点不到昏睡过去,需要三天才能复原。我要发布>>
那些被物业“开除”的业主,或许会觉得自己赢了“斗争”,但等待他们的,可能是房价折损、设施老化、再无头部物企问津的长期代价。我要发布>>
” 他表示,李某某10多岁就外出广东等地打工,可能在2020年前后开始做拼车,之前干过不少工作。我要发布>>
现在,从同一座城市出发的货单变了。我要发布>>
临床数据显示,中国心血管疾病患病率处于持续上升阶段,每年发生急性心梗的患者约100万人。我要发布>>